Обучение в магистратуре организуется в соответствии с индивидуальным планом работы магистранта, разработанным совместно с научным руководителем и на основе утвержденного учебного плана. Индивидуальный план отражает содержание магистерской подготовки с учетом выбранных обучающимся факультативных и элективных дисциплин, а также содержание научно-исследовательской деятельности магистранта, спроектированное с учетом его интересов и темы магистерской диссертации.
Процесс обучения в магистратуре предполагает использование разнообразных форм и методов работы с обучающимися: моделирование педагогических ситуаций, написание аналитических справок, дискуссии, работа над проектами, решение проблемных ситуаций, подготовка презентаций. При этом широко используются электронные ресурсы в процессе взаимодействия преподавателей и студентов.